Ennek a technikának az előnye, hogy pontosan kimutatható vele, hogy egy adott fehérje hol helyezkedik el a vizsgált szövetben, ezáltal detektálhatóvá téve az egyes kapcsolatokat, sejteket vagy éppen sejtcsoportokat. Az eljárások során a kimutatni kívánt fehérjét specifikus antitest-antigén kapcsolódások alkalmazásával jelöljük, melyet aztán különböző mikroszkópos technikákkal detektálhatunk.

A sejtfelszínen vagy az extracelluláris térben bekövetkező kapcsolódásokat peroxidáz-anti-peroxidáz reakcióval jelölhetjük, mely egy barna csapadékot képezve fénymikroszóposan láthatóvá teszi a vizsgált kapcsolatot.

A szövet fluoreszcens vizsgálatához egy fluorokrómmal kapcsolt antitestes jelölést alkalmazunk, amelyet aztán különböző hullámhosszúságú fénnyel detektálunk.

A neuronok egymás közötti kapcsolatainak vizsgálatához pedig különböző méretű, főleg nanogold immunarany jelölést alkalmazunk, melyet aztán elektronmikroszkóppal vizsgálunk.