Térbeli transzkriptomika fluoreszcensen jelölt idegsejtek LCM-Seq vizsgálatával
Kolinerg neuron populációk térbeli transzkriptomikai vizsgálata laser capture microdissection (LCM) módszerrel izolált idegsejtek RNS szekvenálásával
Ez a laboratóriumunkban kidolgozott protokoll képviseli a munkacsoport jelenleg legtöbbet használt kutatási módszerét. A fluoreszcens fehérje marker, a szöveti rögzítés, az RNS izolálás és a könyvtárkészítési módszertanának optimalizálása sejttípusonként ~ 15,000 transzkriptum detektálását és nagypontosságú kvantitatív jellemzését teszi lehetővé laser capture microdissection (LCM) módszerrel gyűjtött neuronpopulációkból. A bioinformatikai elemzés részletes betekintést nyújt a caudate-putamen (CPU) és a mediális septum (MS) régiók kolinerg neuronjainak transzkriptomjába, feltárva a két sejttípus molekuláris szintű különbözőségeit.
Rumpler, Göcz és mtsai. J Biol Chem. 2023 Sep;299(9):105121
A megközelítés sikerrel alkalmazható a reprodukciót szabályozó hipotalamikus hálózatok transzkriptomikai vizsgálatára is.
Göcz és mtsai. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Jul 5;119(27):e2113749119
Göcz és mtsai. Front Endocrinol (Lausanne). 2022 Aug 25;13:960769
Adaptációja használható volt a human putamen sejtméret alapján azonosítható kolinerg interneuronjainak RNA-Seq vizsgálatára is.