Az Allen Institute for Brain Science rendezvénye a KOKI-ban

Az Allen Institute legrégebbi, 2003-ban alapított tudományos egysége a Washington állambeli Seattle-bentalálható Allen Institute for Brain Science, melynek célja az agyunkat alkotó sejttípusok és kapcsolatok meghatározása és jellemzése. Erre azért van nagy szükség, mert minden, önmagában szenzációs felfedezés ellenére, valójában még igen keveset tudunk az agyról. Tudunk ugyan az idegsejtek közötti kapcsolatokról, de nem sokat arról, hogyan dolgozza fel agyunk az információkat. Nobel-díjakat érdemlő ismereteket szereztünk a memória kialakulásának folyamatairól, de nincs magyarázatunk arra, miért tanul valaki gyorsabban, miért tud jobban koncentrálni valamire mint más, vagy miért kreatívabb. Mindez bizonyára összefügg a szinaptikus plaszticitásnak nevezett jelenséggel, de hogyan?

Számtalan megoldatlan kérdés, melyek megoldásához meg kell ismernünk az agyi sejttípusokat, egymással való kapcsolódásuk módját, változásukat a természetes öregedés során és olyan neurodegeneratív betegségekben, mint például az Alzheimer-kór.
Ennek az óriási feladatnak nem hogy a kivitelezése nem könnyű, de még a megoldandó részfeladatok megtervezése sem. Ma, amikor a mindennapi élet során is gyakorta találkozunk adatbázisokkal, természetesenek tűnik, hogy a részfeladatok kivitelezése adatbázisok létrehozását is jelenti - még ha ezeknek az adatfájloknak a számát leginkább csak a csillagászok érzik természetesnek. Az intézet már számos alapvető adatforrást hozott létre az idegtudományi közösség számára azoknak a vizsgálataiknak eredményeit osztva meg a kutatóközösséggel, melyben az agyat a génexpresszió, az összekapcsoltság (konnektivitás), és az egyes sejttípusok illetve szinapszisok szintjén vizsgálja.

Az AIBS kutatói jelenleg elektronmikroszkópos módszerrel dolgoznak az egéragy "mikroszintű konnektomjának" 3D-s térképén, mely valósághűen tükrözi, hogyan kapcsolódnak egymáshoz a neuronok. A vállalt feladat nagyságát jól érzékelteti a következő adat: az egér látókéregből származó agy egy köbmilliméternyi, körülbelül homokszem nagyságú darabjában úgy egymilliárd szinapszis (idegek közötti kapcsolódási hely) található.

Erről a munkáról és még inkább felhasználhatóságáról, alkalmazhatóságáról tart egynapos workshopot - előadásokat és gyakorlatot - intézetünkben az Allen Institute for Brain Science három munkatársa, akik közül az egyik volt PhD hallgatónk, majd munkatársunk, Bodor Ágnes. Mert nem csak magyarokat lehet a világ minden fontos helyén találni, de kokisokat is.

Aki szeretne valósághű idegsejteket látni 3D-ben, maga is megnyithatja az intézet honlapján a MICrONS Explorer program oldalát!

Az angol nyelven tartott rendezvény programja:

June 2 Thursday (Institute of Experimental Medicine)
3D EM "MICroNS workshop"

8.30-9 .00 Covid antigen testing

9.00-9.30 Brief introduction to the datasets Nuno da Costa & Forrest Collman
9.30-10.10 The cellular and synaptic organization of a cortical column in mouse visual cortex Nuno da Costa

10.10-10.20 Break

10.20-10.50 Local and long-range connectivity of L5 thick tufted cells
Agnes Bodor
10.50-11.40 Quantitative census of local somatic features in mouse visual cortex Forrest Collman
11.40-12.30 Lunch

12:30 – 13:00 Introduction to tools (breakout into 3 groups)
Forrest Collman, Agnes Bodor, Nuno da Costa

13.00 -17.00 Hands-on in 3 groups. Participants will work on their chosen mini-projects. Using one or more sets of tools.

- using web browser interface to study the dataset Agnes Bodor
- query connectivity data through a browser-based user interface application Nuno da Costa
- to query the data via a python API Forrest Collman