Microproject: Merülés a részletekbe
Belevágunk eredményeink elemzésébe. Egy új projektnél, amikor megjelennek az első eredmények, először csak felderítünk. Megnézzük, mi működött, mi nem, mi egyezik az elvárásainkkal, és mi nem (ezek nagyon fontosak, sokszor a korábbiaknak ellentmondó eredmények visznek előre). Kezdünk mintákat, szabályokat és szabálytalanságokat keresni. Először csak kvalitatívan, azaz minőségben. Ha már látunk valami mintát, akkor jön a neheze: a kvantifikálás, azaz a precíz számszerűsítés.
A high-tech slide-scannerrel tehát, alapos beállítás után, bescanneltük metszeteinket. Egy-egy tárgylemez kalibrálása, a kívánt területek kijelölése, a megfelelő objektívek és fluoreszcens szűrők kiválasztása 5-5 percet vesz igénybe. Ez 12 metszetre kb. 1 óra. Ezután magára hagyjuk a masinát, amely 3-5 óra alatt befejezi a scannelést, és előállítja a tárgylemezenként 1-2 GB-os fájlokat. Ha ez megvan, gondosan lementjük, majd letöröljük az adatokat a közösen használt gépről, mivel egy műhelyben rendnek kell lennie, és egy kutató laboratórium egy műhely.
Mellékszál, de fontos: Ugye, azért nehéz egy gimnazistának nyakig merülni a kutatásban, mert ott van a suli, ahová járni is kell. És igen, elsődleges, hogy az érettségi és a felvételi jól sikerüljön, csak utána jöhet a kutatás. Aztán, ha már valaki egyetemre jár, nem kell színötösnek lennie. Az egyetem arra való, hogy az ember megtalálja, mit szeretne csinálni, melyik tanszék vagy kutatócsoport munkája érdekli. Nyilván az ösztöndíjak miatt jó, ha az ember négyes szinten van, de nem kell mindenből jelesre vizsgázni. Elárulom, az életben senki nem fogja megnézni a diplomád mellé, milyen jegyeid voltak az indexedben. Azt viszont megkérdezik, hogy miket fedeztél fel vagy írtál le egyetemista korod alatt (mi volt a szakdolgozatodban)?
Mindezek miatt egy gimnazistának heti kevés órája van arra, hogy mellettünk sertepertéljen. No persze, ott vannak a szünetek: aki elszánt, az alatt tudja nyomni a kutatást. A microprojectet azzal kezdtük, hogy két napig, napi sok órában, fixáltuk az állatokat, metszettük, majd festettük. Ilyen egybefüggő blokkot nehéz egy gimisnek kifacsarnia, ezért is csináltuk péntek délutántól vasárnap délutánig.
De most, hogy már digitalizált formában vannak a metszeteink, szabad a pálya. Ha van valakinek akár csak fél órája, akkor betöltheti az adatokat, és nekiláthat az elemzésnek. Másnap folytathatja.
Hogy is láttunk neki? A scannerünk a 3DHISTECH cég gyártmánya. A masina megvásárlásakor kapunk egy adatfelvevő és alapos nézegető programot. De ha csak nézegetni akarunk, az a regisztráció nélküli nézegető programjukkal is megy. Szóval letöltöttük a méretes adatfájlokat, a nézegető programot, meg az egér agyatlasz PDF-es verzióját, és nekiláttunk.
A nézegető program nyitóképernyőjén láthatók az egyes állatok egyes festéseit tartalmazó metszetek. Ezekből a vizsgálni kívántat megnyitjuk, és az egérrel nagyíthatjuk, lépegethetünk.
A felső részen válthatunk előre beállított nagyításokat, 
illetve kiválaszthatunk különböző eszközöket a méréshez és jegyzeteléshez. A bal alsó sarokban azt kapcsolhatjuk, hogy melyik színű csatornát szeretnénk látni (de állítható az egyes csatornák erőssége és kontrasztja is). Ennek segítségével több jelölés egymáshoz való viszonyát nézhetjük.
Ezzel párhuzamosan egy másik ablakban megnyitjuk az egér agyatlaszt, hogy ennek segítségével találjuk meg, metszetünk az agy mely részéből készült, és hogy az egyes területek pontosan minek is felelnek meg.
Amikor belenagyítunk egy metszetbe két dolog látszik. Egyrészt az atlasz alapján megtaláljuk, hol járunk. Másrészt a színek alapján láthatjuk, hogy milyen is az átfedés a két jel között.
Az is látszik persze, hogy a kivitelezés, vagy az eredmények nem mindig tökéletesek. Van olyan metszet ami fejjel lefelé került a tárgylemezre, de ez bőven megbocsájtható annak aki először rak ki agszeleteket és majd a progiban átforgatjuk a képet. 
De ugyanitt az is előfordult, hogy a lefedőanyagból nem kentünk eleget a metszetre és az buborékos lett.
Mi is látszott elsőre. Hát bizony az, hogy a gnetikai szabályozás nem feltétlenül olyan eyszerű, mint ahogy azt gondoljuk. Elvárásaink szerint a PV-GFP állatban a zölddel jelölt GFPnek és a pirossal jelölt PVnek
egybe kellene esnie, azaz csak sárga sejteket és nyúlványokat kellene látnunk a kétszínű mintában. De látukn böven zöldet és pirosat is. Aprogram alkalmas arra, hogy egyenként ki be kapcsoljuk a csatornákat vagy szürke megjelenítésben nézzük meg az egyes csatornákat. így pontosítani lehet, hogy milyen a 
két jel relatív erőssége. Az is előfordul hogy az egyik vagy másik jel gyengébb mint a másik, de azért még jelen van. Ezek mérlegelést igényelnek. A hamis pozitív és hamis negatív jel kérdését mindig alaposan körül kell járni.
Vannak persze még további technikai csavarok is. Például a két antitest más mértékben hatol a metszetekbe, ezért a metszet felszínétől távolodva eltérően változik a festések erőssége, azaz ha nem vigyázunk tévesen vonhatunk le következtetéseket a két jel együttes előfordulásáról. Kell hozzá rutin, idő még mire az AIr bízhatjuk ezt a munkát. És ugye ezt mindne agyterültre meg kell csinálni.
Mint fentebb írtam az elemzésnek van egy gyors és élvezetes felderítő fázia, amit a megtapasztaltak alapján tervezett alaposabb, hibákat kiszűrő elemzés követ. Ezzel elleszünk egy ideig. Jelentkezünk majd amikor megvilágosodtunk.
Szerző: Gulyás Attila